右想小木箱

• 實驗目的

​​16S rRNA基因定序，以27f以及1522r為引子做PCR擴增後，定序取得前幾次實驗中在環境取得的細菌基因序列，並且利用網路資料庫找出該基因序最有可能對應的菌種。

• 實驗原理

16S rRNA具有高度保守性，也就是每種細菌會有不同的16S rRNA序列，利用這個特性結合上PCR技術擴增，就可以成功定序出菌種的16S rRNA序列，並以此辨別菌種。

• 實驗步驟

1. 取得定序資料

2. 由於27f和1522r兩個引子是分別從兩端進行定序，所以需要先在Reverse Complement上將1522r的定序資料進行反轉。（網址：https://www.bioinformatics.org/sms/rev_comp.html）

3. 反轉後使用BLAST網站，找出27f和1522r重疊的部分。（網址：https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?BLAST_SPEC=blast2seq&LINK_LOC=align2seq&PAGE_TYPE=BlastSearch）

4. 知道重疊的部分後拼出16S rRNA的序列。

5. 將該序列與資料庫比對，取得最相似的菌種序列。